Zoologiya İnstitutu
Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində elmi müəssisə
Fizika İnstitutu
Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində elmi müəssisə
Riyaziyyat və Mexanika İnstitutu
Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində elmi müəssisə
İnformasiya Texnologiyaları İnstitutu
Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində elmi müəssisə
Nəsrəddin Tusi adına Şamaxı Astrofizika Rəsədxanası
Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində elmi müəssisə
Akademik Yusif Məmmədəliyev adına Neft-Kimya Prosesləri İnstitutu
Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində elmi müəssisə
Geologiya və Geofizika İnstitutu
Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində elmi müəssisə
Akademik Həsən Əliyev adına Coğrafiya İnstitutu
Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində elmi müəssisə
Təbiət Tarixi Muzeyi
Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində elmi müəssisə
Botanika İnstitutu
Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində elmi müəssisə
Molekulyar Biologiya və Biotexnologiyalar İnstitutu
Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində elmi müəssisə